Como mayoría de las localidades de la Marina Alta, lo más probable es que Benimeli tenga sus orígenes en una alquería árabe. Su nombre es muy revelador: Beni Malih o Malik, es decir, hijos de Malih o Malik. Su traducción completa apunta hacia "Casa, masía, alquería de los hijos de Malik". La información de este artículo está extraída de un texto de José Camarena, publicado en la página web del Ayuntamiento de Benimeli.
Con la llegada del conquistador Jaume I se tiene la primera documentación sobre el municipio: documentos pertenecientes al Llibre del Repartiment, por el cual se otorgaban tierras a señores. Se inicia una larga sucesión de traspasos de la propiedad de Benimeli: tomó posesión Carroz, señor de Rebollet, Elvira Berenguer, Bernardo Martin, Berenguer de Cambrils, Arnaldo Calvet, Bemardo de Clapers, Enrique de Quintavall o Pere Franqueza.
En 1609, Benimeli quedó despoblado con la expulsión de los moriscos. Fue repoblado con familias mallorquinas de apellidos Lull o Llull, Mut, Catalá, Doménech, Ginestar y Benimeli.
