Comme la plupart des villes de la Marina Alta, Benimeli a probablement ses origines dans une ferme arabe. Son nom est très révélateur : Beni malih o Malik, c'est-à-dire les enfants de Malih ou Malik. Sa traduction complète indique "Maison, ferme, ferme des enfants de Malik". Les informations contenues dans cet article sont extraites d'un texte de José Camarena, publié sur le site Internet de la Mairie de Benimeli.
Avec l'arrivée du conquérant Jaume I, nous avons la première documentation sur la commune : des documents appartenant au Libre du Répartiment, par lequel les terres étaient concédées aux seigneurs. Une longue succession de transferts de la propriété de Benimeli a commencé : Carroz, seigneur de Rebollet, Elvira Berenguer, Bernardo Martin, Berenguer de Cambrils, Arnaldo Calvet, Bemardo de Clapers, Enrique de Quintavall ou Pere Franqueza ont pris le relais.
En 1609, Benimeli fut dépeuplée avec l'expulsion des Maures. Il a été repeuplé avec des familles majorquines avec les noms de famille Lull ou Llull, Mut, Catalá, Doménech, Ginestar et Benimeli.
