Existem diferentes teorias que explicam a origem do nome "Ondara", mas a que aparece com mais fundamento é a de Manuel Sanchis Guarner: o topónimo (topónimo) viria de "Ondar", palavra ibérica que significa " área arenosa".
A pré-história
Os primeiros vestígios de assentamentos humanos perto de Ondara são dos tempos Paleolítico, Eneolítico e Ibérico. Avançando na história, várias vilas romanas surgiram muito perto da zona urbana de Ondara, bem como inscrições honoríficas e fúnebres na mesma cidade velha.
Era islâmica
Na era muçulmana, Ondara torna-se relevante. Existia um castelo que ocupava a parte alta da vila, do qual permanece a Torre do Relógio. Em 1012 passou a fazer parte da Taifa de Dénia. A dominação árabe levou à implementação de sistemas de irrigação em Ondara, que ainda hoje se conservam.
Existem documentos que comprovam que o Cid passou uma temporada no castelo de Ondara, entre 1090 e 1091, de onde sitiou o rei de Dénia.
A Reconquista e a Idade Média
Com a conquista de Jaume I chegaram os primeiros colonos cristãos. Ondara era um território instável, com uma população predominantemente muçulmana. Nesta época, o município pertencia primeiro a Berenguer de Palau, arcebispo de Barcelona, depois a Pere d'Aragó, filho do rei Jaume II, e mais tarde à linhagem dos Cardona, nobres catalães.
A era moderna
No início do século XVI, Ondara foi palco de algumas batalhas do guerra das Alemanhas. Em 1609, com a expulsão dos mouros, Ondara sofreu um grande despovoamento. O repovoamento foi feito com pessoas de outras cidades da região e das Ilhas Baleares.
No século XVII, Ondara participou ativamente da Guerra de Sucessão, que teve consequências após a derrota do Arquiduque Carlos: Ondara foi queimado e saqueado pelas tropas Bourbon.
No século XIX, o cultivo da uva-passa deu relevância a Ondara: o município cresceu e os habitantes aumentaram. Mas o esplendor acabou com a filoxera, que arruinou a economia local e enviou dezenas de ondas à emigração, especialmente para a Argélia e Argentina.